接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉 拉（Godz
illa）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzil la）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。　　維修組員中條義
人在八王子基地負責修復
 機龍的工作 。
某日中條在他叔叔信一的別墅家
渡假時，嬰兒島的小美人精靈 竟然出現
 在他們眼前。小美人給他們一個
忠告：人 類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯 誤，如果出動機龍，摩斯拉就會
變成人類的 敵人。於是信一

設法說服老友也 是身  為總理大
臣
的五 十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤…